Asystentem przyrodnika Karola Darwina podczas podróży na H.M.S. "Beagle" jest James Kincaid. Ten zaledwie dziesięcioletni chłopiec okrętowy jest zafascynowany swoim zwierzchnikiem i z wielkim zaangażowaniem pomaga mu przy zbieraniu okazów południowoamerykańskiej flory i fauny. Załoga "Beagle`a" pokonuje wzburzone wody niebezpiecznych mórz, uczestniczy w trzęsieniu ziemi i wybuchu wulkanu, żegluje, badając po drodze zatoki, przesmyki i wyspy, a zwłaszcza ich wodnych i lądowych mieszkańców...

Dziennik Jamesa opowiada o fascynującej podróży, która zaowocowała jednym z najbardziej przełomowych dzieł w nauce: O powstawaniu gatunków Karola Darwina. W dzienniku chłopiec notuje swoje spostrzeżenia, a także opisuje idee wyrażane przez jednego z największych uczonych. Jest to też wciągająca opowieść o morskich przygodach.